Em 1525, o Cardeal infante D. Afonso (filho de D. Manuel I) toma posse efetiva do Bispado de Évora. É contratado o castelhano Mateus d`Aranda . Em 1528, a pedido dele foi criada uma escola de música.
O ano de 1540, é marcado pela criação do Arcebispado de Évora e a nomeação do Cardeal D. Henrique como arcebispo, recebendo a escola um novo impulso. Em 1552 por iniciativa deste é criado o Colégio dos Moços do Coro.
O séc. XVI é o período dourado da Escola da Sé. Inúmeros compositores aí formados e se destacam pelo elevado valor das suas obras. Entre eles podem citar-se, Frei Manuel Cardoso, Filipe de Magalhães ou Duarte Lobo. No séc. XVII, novos compositores surgem, como Lopes Morago, Estêvão de Brito, e mais tarde Francisco Martins e Diogo Dias Melgás. No séc. XVIII a extinção da Universidade de Évora contribui para que a Escola entre em decadência , pois os Moços da Sé não tinham onde continuar os seus estudos médios e superiores. No séc. XIX no ano de 1802 a memória da Escola preservou-se pois D. Frei Manuel de Cenáculo Vilas Boas é eleito arcebispo de Évora. Mais tarde, as guerras liberais conduzem ao exílio forçado do Arcebispo de Évora e ao desmantelamento do Colégio que fecha as suas portas em 1835.
